Početak žetve treba planirati kad je vlaga zrna 14-16 %, a za čuvanje soje potrebna je vlaga zrna od 12 %. žetva se obavlja kad je sjeme u gornjim mahunama u punoj zrelosti
Obavlja se žitnim kombajnom, brzina kretanja ne smije biti veća od 5 km/sat, brzinu okretaja motovila treba podesiti da pri udaru o biljku ne prouzroči osipanje zrna. Broj okretaja bubnja smanjiti na (600-800 o/min) i povećati razmak između bubnja i podbubnja da se ne lomi zrnje. Radi smanjenja gubitaka preporučuje se korištenje hedera s mogućnošću fleksibilnog podešavanja kose.
Prinosi soje na plodnim tlima uz pravilnu agrotehniku mogu biti veći od 4 t zrna/ha, a najčešće su 2,5-3,5 t/ha.
