Najvažnije bolesti celera koje se javljaju u toku vegetacije su: crna trulež korijena, pepelnica, te siva pjegavost lista.
Siva pjegavost lista celera (lat. Septoria apiicola)
Kod jake zaraze biljke ovom gljivom lišće se potpuno osuši, što može uzrokovati propadanje korijena zbog nedostatka asimilata neophodnih za rast. Glavni izvor zaraze je zaraženo sjeme, na kojem gljiva može preživjeti i do 2 godine ali se gljiva može održavati na zaraženim biljnim ostacima. Pri temperaturama od 21 – 27°C inkubacija traje 7 – 8 dana. Protiv ove bolest treba se boriti preventivno poštivanjem plodoreda te primjenom zdravog i tretiranog sjemena (namakanje sjemena u otopini TMTD – a zagrijanoj na 30°C u trajanju od 24 sata). Pri kemijskoj zaštiti primjenjuju se fungicidi na osnovi bakra.
Ostale bolesti koje se mogu pojaviti u uzgoju celera: crna trulež korijena (lat. Alternaria radiciana ), pepelnica (lat. Erysiphe heraclei).
