Rajčica je jednogodišnja zeljasta biljaka. Glavnina korijena rajčice nalazi se na dubini od oko 30 cm ali glavni korijen može doseći dubinu od 1 m dok se u promjer može širiti na 1,5 metar.
Stabljika zbog nedostatka sklerenhima pod opterećenjem lišća i plodova bez potpore poliježe. Zeljasta je, promjera oko 2 cm pri korijenu te je prekrivena dlačicama. Razlikuju se 2 osnovna tipa stabljike; indeterminantan (visoki) i determinantan (niski ili grmasti).
Indeterminantni (neodređeni) tip rasta
- Stabljika doseže i do nekoliko metara a vegetacijski vrh aktivan je sve dok ima povoljne uvijete. Nakon prvog cvata razviju se najčešće 3 lista, zatim drugi cvat pa iza njega opet 3 lista, pa treći cvat i tako redom. Iz pazušca listova razvijaju se sekundarne grane koje se odstranjuju (zalamanje zaperaka). Ako se ne odstrane na sekundarnim granam je isti raspore cvatova i listova.
Determinantni (određeni ) tip rasta
- Stabljika je visine 0,5 – 1 m. Nakon prvog cvata razviju se 1 ili 2 lista a zatim drugi cvat koji može biti i posljednji na glavnoj grani. Glavna stabljika može završavati i trećim cvatom. Iz pazušca listova razvijaju se sekundarne grane na kojima je raspored listova i cvjetova isti kao i na glavnoj, te grane se ne zalamaju što biljci daje “grmasti” izgled. Kako se istovremeno razvija nekoliko sekundarnih grana, cvatnja i razvoj plodova su proporcionalno združeni, što je prednost za rajčicu namijenjenu konzervnoj industriji jer omogućuje jednokratnu mehaniziranu berbu.
Liste rajčice je neparno perast na dugoj peteljci, dužine do 50 cm. Liske su različitih veličina,, nazubljene, naborane i dlakave.
Prvi cvat se pojavljuje nakon 5 – 9 listova, jednostavan je (ima 7 – 12 cvjetova) ili pak je sastavljen u grozd (višestruko veći broj cvjetova nego kod jednostavnog cvata). Cvjetovi se razvijaju od dna prema vrhu pa tako istovremeno na jednom cvatu mogu biti već razvijeni plodovi i tek otvoreni cvjetovi. Cvijet je dvospolan.
Plod je boba a sastoji se od mesa (stijenke perikarpa + pokožica) i pulpe (placenta + sjemenke + želatinozno tkivo oko sjemenki koje ispunjava komore). Plodovi su različitog oblika, veličine i boje što zavisi o kultivaru. Boje variraju od crvene preko narančaste do žute.
Po veličini plodovi mogu biti:
- Jako veliki – veća od 10 cm u promjeru
- Veliki – između 8 i 10 cm
- Srednji – između 5 i 8 cm
- Coctail – između 3 i 5 cm
Jako mali (cherry) – manje od 3 cm
Različiti oblici plodova rajčice:
- srcoliki,
- plosnati,
- okrugli (jabučar),
- ovalni (šljivar),
- naborani,
- kruškoliki.
Sjeme je spljošteno i ovalno dužine 5 mm, širine 4 mm te debljine 2 mm. Prekriveno je gustim dlačicama. Jedan gram može imati 250 – 350 sjemenki.