U zaštićenim prostorima rajčica se mogu uzgajati i bez tla odnosno u sistemu hidroponija. Supstrati u hidroponskom uzgoju mogu biti organskog i anorganskog podrijetla te sintetički supstrati.
Organski supstrati koriste se: kokos, rižine ljuske, piljevina, kora drveta, borove iglice, anorganski supstrati: kamena vuna, vermikulit, perlit, kvarcni pijesak, ekspandirana glina, sintetički supstrati: ekspandirani poliuretani, ekspandirani polistireni, urea – formaldehid.
Bez obzira na podrijetlo supstrat mora biti inertan i stabilan (ne smije se razgrađivat, otapat i ne smije bitno mijenjati sastav hranjive otopine), čist, mora omogućiti lako oticanje viška hranidbene otopine te mora imati povoljan odnos mikro i makro kapilara.
Izbor supstrata kao medija za uzgajanje ovisi o nizu faktora kao što su: klimatskim uvjetima, tipu opreme u plasteniku te zahtjevima biljaka koje je potrebno zadovoljiti. Najrašireniji supstrat u hidroponskom uzgoju povrća je kamena vuna.
Kamena vuna je inertni materijal sastavljen od vlakana bazaltnih stijena koje se tope na temperaturi od 1600°C i pretvaraju u lavu koja se potom centrifugalno razbacuje u tanke niti koje se hlade i prešaju u razne dimenzije. Ona se u početku koristila kao izolacijski materijal u građevinarstvu. Tek je 60 – ih godina prošlog stoljeće a prvi put upotrijebljena kao podloga za biljku.
Prednosti kamene vune su:
- smanjen rizik od štetočina,
- ekonomično korištenje hranjiva,
- smanjen rast korijena,
- lakša kontrola uzgoja,
- reciklaža nakon uporabe.
Nedostaci kamene vune su:
- visoka početna ulaganja,
- stručni kadar,
- skupa reciklaža i dr.
Prednosti hidroponskog uzgoja:
- nema plodoreda,
- smanjena pojava patogena,
- manja upotreba sredstava za zaštitu bilja,
- smanjeno onečišćenje okoliša,
- uzgoj na površinama na kojima nije bilo uvjeta za uzgoj,
- visoki intenzitet proizvodnje,
- visok stupanj automatizacije,
- manje rada pri obradi, kultiviranju, dezinfekciji,
- maja potrošnja vode i hranjiva.