Najopasnije biljne bolesti u duhanu jesu „mozaik“, koji se prenosi mehanički i jedina borba protiv te bolesti jest čupanje i odstranjivanje zaraženih biljaka, te „Y“ virusi. Od bolesti još se javlja plamenjača duhana.
Virus mozaika duhana
Mozaik duhana je bolest koju uzrokuje virus mozaika duhana – TMV (tobacco mosaic virus). Kako se radi o virusnoj bolesti, točnu dijagnozu nije moguće odrediti na osnovi simptoma, već samo korištenjem adekvatnih seroloških ili molekularnih tehnika u laboratoriju. Tehnike koje je moguće koristiti u dokazivanju biljnih virusa su imunodifuzija, ELISA, hibridizacija nukleinskih kiselina i lančana reakcija polimeraze. Najpraktičnija i najčešće korištena metoda dokazivanja biljnih virusa je tzv. DAS – ELISA (Double Antibody Sandwich Enzyme-Linked Immunosorbent Assay). Spomenuta metoda temelji se na reakciji antigena (virusa) i protutijela koja postaje vidljiva zbog obojenja supstrata u kojem su antigen i protutijelo reagirali. Protutijela i kemikalije potrebne za izvođenje ove metode naručuju se od specijaliziranih proizvođača.
Simptomi koji mogu uputiti na mozaičnu bolest su izmjena svjetlijih i tamnijih zona na listovima duhana, kloroza i žutilo listova, žutilo žila na listovima i smanjen rast. Kako duhan napada veći broj virusa, često se na osnovi simptoma teško uopće može pretpostaviti o kojem bi virusu moglo biti riječ u pojedinom konkretnom slučaju. Postoji više sojeva virusa mozaika duhana, pri čemu različiti sojevi virusa uzrokuju različite simptome na različitim kultivarima duhana (ili uopće ne uzrokuju simptome), što dodatno otežava definiranje karakterističnih simptoma ove bolesti.
Postoji osobitost virusa mozaika duhana koja ponekad omogućuje davanje relativno točne dijagnoze na osnovi mikroskopskog pregleda zaraženih biljaka. Virus mozaika duhana u biljnom tkivu relativno brzo kristalizira, pri čemu čestice virusa stvaraju prave kristale. Kristali virusa mozaika duhana oblika su pravilne šesterokutne prizme sa bridovima dugim 15 – 20 u m i najčešće se mogu uočiti u dlačicama listova zaraženih biljaka. Ove strukture dobro su vidljive svjetlosnim mikroskopom, no nije ih uvijek lako pronaći.
Plamenjača duhana (lat. Peronospora tabacina)
Plamenjača duhana je bolest koju uzrokuje pseudogljiva Peronospora tabacina. Bolest se može pojaviti u svim fazama razvoja biljke, a pseudogljiva napada isključivo nadzemne dijelove duhana.
Simptomi: lako uočljivi i prepoznatljivi, tako da je dijagnozu u većini slučajeva moguće dati samo na osnovu simptoma. Na licu lista duhana zaraženog plamenjačom pojavljuju se klorotične okruglaste pjege. Ukoliko se list okrene, na naličju pjega moguće je uočiti plavičastu do sivkastu baršunastu prevlaku, koja je gušća što je viša vlažnost zraka tijekom razdoblja u kojem se pregled obavlja. Prevlaka je masa sporangiofora i sporangija pseudogljive koja izbija iz lista. Ukoliko se takva prevlaka promatra pod stereomikroskopom na njenim rubovima moguće je uočiti pojedinačne sporangiofore sa sporangijima. Sporangiofori i sporangiji izgledaju poput stabalaca na čijim vrhovima se stvaraju kapljice. Pod mikroskopom moguće je uočiti sporangije i sporangiofore koji se granaju dihotomno, u obliku slova V. Takvo grananje sporangiofora svojstveno je pseudogljivama iz roda Peronospora. Sporangiji Peronospora tabacina ovalni su, dimenzija 12 -18 um x 15 – 25 um. Ova pseudogljiva ne može se uzgajati na umjetnim hranjivim podlogama.
U prenošenju virusnih bolesti duhana sudjeluju lisne uši i trips. Preventivno se borimo protiv viroza pravovremenim suzbijanjem ovih štetnika.