Korovska flora u pšenoraži je tipična za žitarice. Najčešći korovi koje se javljaju su uskolisni: slakoperka, mačji repak, divlja zob, ljuljevi, vlasnjače i drugo te širokolisni: kamenica, pastirska torbica, mišjakinja, kopriva, jaramen, priljepača, bročika i dr.
Zaštita od korova obavlja se herbicidima na bazi aktivnih tvari fluroksipir i bentazon + diklorprop.
Tritikale je otporan na bolesti, a u slučaju jačeg napada koriste se fungicidi kao i kod ostalih strnih žitarica.
Program zaštite od bolesti
| Ativna tvar | Namjena | Faza razvoja | Doza |
| Flutriafol | bolesti lista i stabljike | od busanja do od početka klasanja do | 1,2 l/ha |
| Ciprokonazol | bolesti lista i stabljike i klasa | od početka klasanja do početka cvatnje | 0,5 l/ha |
| Tebukonazol | bolesti lista i stabljike i klasa | od početka klasanja do početka cvatnje | 1 l/ha |
Štetnici se suzbijaju insekticidima kao i kod ostalih žitarica. Koriste se svi insekticidi koji su u prometu kod nas za suzbijanje štetnika, a registrirani su za tu namjenu.
Zaštita od leme provodi se kada se na zastavičaru nalazi prosječno 1 – 1,5 ličinka i kad je barem 10 – 15 % ličinki izašlo iz jaja.
Insekticidi koji se koriste su na bazi slijedeće aktivne tvari: cipermetrin u dozi 1 – 1,5 l/ha.
