Bolesti u šećernoj repi koje se javljaju u toku vegetacije mogu smanjiti prinos korijena i digestiju šećerne repe. Najznačajnija bolest koja se javlja u toku vegetacije je svakako pjegavost lišća šećerne repe.
Pjegavost lista šećerne repe (lat. Cercospora beticola Sacc.)
Infekciju uzrokuje gljivica, a javlja se tijekom ljeta u prvoj polovici srpnja, pojavom malih pjega na listu šećerne repe (2 – 3 mm), uokvirenih tamno smeđom bojom dok je unutar pjega sivo smeđa boja. U početnom stadiju pjege su pojedinačne, dok se širenjem infekcije one umnažaju, šire i formiraju između sebe osušene zone na krajevima listova. Kod pojačane prisutnosti Cercospore, na sortama šećerne repe osjetljivim na bolest, većina listova je uništena.
Biljka reagira tako što odbacuje stare listove koji su napadnuti i uništeni od strane gljivice i tjera nove listove, stvarajući tako ciklus uništenja koji uzrokuje izduženje glave biljke. Šteta koju nanese cercospora je velika, ne samo zato što biljka gubi i odbacuje listove već i što proces rasta novih listova utiče na gubitak šećera i na kvalitetu korijena. Jači napad može uzrokovati smanjenje prinosa korijena od 10 – 30%, lisne mase do 60%, te utjecati na smanjenje šećera do 6%. Budući da je cercospora u Hrvatskoj najraširenija, i gotovo svugdje prisutna bolest, potrebno je provoditi preventivne mjere, kao i neophodnu zaštitu tretiranjem. Preventiva zaštita je uklanjanje ostataka lišća s polja, detaljno i duboko oranje repišta, ujednačena gnojidba i što širi plodored. Zaštita se provodi tretiranjem usjeva prosječno 3 puta godišnje svakih 15 dana od pojave prvih pjega.
Crna trulež korijena (lat. Rhizoctonia solani J.G. Kühnr)
Pojava grupa oboljelih biljaka na pojedinim područjima – plješinama na njivi karakteristična je za ovu bolest. Lišće zaražene repe vene i postepeno propada. Crna trulež javlja se na korijenu, izazivajući djelomično potpuno propadanje tkiva. Nekroza i truljenje osnove lisnih peteljki česta je pojava na oboljelim biljkama. Rhizoctonia solani održava se u tlu u vidu pseudosklerocija, iz kojih nastaje micelij, koji prodire u korijen. Nakon infekcije, zaraženo tkivo postaje tamne boje i postepeno trune. Ranije ili kasnije, zaražene biljke propadaju, jer oboljela tkiva naseljavaju razni mikroorganizmi – saprofiti koji ubrzavaju proces propadanja korijena. Crna trulež se razvija u ranim fazama rasta repe. Širenju bolesti pogoduje loša struktura zemljišta i duže zadržavanje suvišnih voda u oranici. Zaštitna mjera za suzbijanje Rhizoctonie je plodored i to po preporuci struke svakih 5 godina, u Hrvatskoj se navedena mjera poštuje, no uobičajena izmjena kod proizvođača je svake 3 godine.
Rhizomania šećerne repe
Rizomaniju šećerne repe uzrokuje virus nekrotičnog žutila (BNYVV) koji se održava i prenosi u tlu gljivicom (lat. Polymyxa betae). Visoka vlažnost doprinosi razvoju gljivice, a time i širenju bolesti.
Simptomi rhizomanie ispoljavaju se tako što korijen zaostaje u rastu i na njemu se javljaju manja suženja tkiva ispod nivoa tla (bradatost i kržljavost korijena); lišće gubi turgor, naročito u sušnim uvjetima; na poprečnom presjeku korijena uočavaju se potamnjeli krugovi. Pored ovih, u našoj zemlji se istovremeno javljaju i druge promjene na biljkama, kao što su razgranatost korijena, sužavanje tkiva na donjim dijelovima korijena, krivljenje korijena, trulež korijena, kloroza lišća i uvenuće repe, što upućuje na složenost ove bolesti. Posljedica napada je smanjen urod jer biljka ne dobiva dovoljno hranjiva za podzemni dio, odnosno korijen, što se može odraziti i do 50% na manji prinos i 3 – 4 % manji postotak šećera. Budući da se radi o virusnoj infekciji nema primjerene zaštite pesticidima, odnosno fungicidima te se provode preventivne mjere zaštite. Te mjere uključuju plodored i selekciju tolerantnih sorata.